Bosna i Hercegovina, kao jedna od još uvijek neistraženih zemalja Balkana, privlačila je radoznalost mnogih naučnika, naročito onih iz Austro-Ugarske, ali i kvazi naučnika, što je već prvih godina okupacije rezultiralo raznošenjem spomenika kulture iz naših krajeva. To je doprinijelo poduzimanju konkretnijih mjera u cilju ostvarivanja dugo prisutne ideje o osnivanju muzeja, što se ogledalo u osnivanju Muzejskog društva nakon čega je 1. februara 1888. godine Zemaljska vlada osnovala Zemaljski muzej za Bosnu i Hercegovinu.

Budući da je prostor u kome je Muzej bio prvobitno smješten uskoro postao suviše skučen i nepogodan, 1908. godine pristupilo se izgradnji novih zgrada. Gradnja je završena 1913. godine, a Muzej otvoren za javnost 4. oktobra iste godine.